آيتالله سيدمجتبي خامنهاي در پيامي، با تجليل از خدمات علمي، حوزوي و ارشادي مرجع عاليقدر آيتالله حاج شيخ اسحاق فياض، ضايعه ارتحال ايشان را به حوزه علميه نجف اشرف، مقلدان و ارادتمندان آن مرجع فقيد، ملت افغانستان و خاندان ايشان تسليت گفتند.متن پيام رهبر انقلاب اسلامي به شرح زير است:بسمالله الرّحمن الرّحيمانا لله و انا اليه راجعونخبر ارتحال مرجع عاليقدر، آيتالله حاج شيخ اسحاق فياض (طاب ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گرديد و حوزههاي علميه بويژه حوزه مقدسه نجف اشرف را در سوگ نشاند.سالها حضور در حوزه مقدسه نجف اشرف و کسب فيض از محضر بزرگان آن، چون مرحوم آيتالله سيدابوالقاسم خويي (ره) و تربيت شاگردان و تأليف کتب و اشراف بر جريان علمي آن حوزه و ارشاد مؤمنين و مقلدان، تنها بخشي از خدمات وجود اين فقيه بود که فراموش نخواهد شد و آثار صالحه آن باقي خواهدماند انشاءالله.اينجانب اين ضايعه مؤلمه را به حوزه نجف اشرف و عموم مقلدان و ارادتمندان آن مرجع فقيد بويژه به ملت مقاوم و نستوه افغانستان و خاندان معزز ايشان، تسليت عرض نموده و از درگاه خداوند متعال براي آن فقيد سعيد، علو درجات و حشر با اولياي الهي، و براي بازماندگان صبر جميل و اجر جزيل مسئلت مينمايم.سيدمجتبي حسيني خامنهاي21/خرداد/1405همچنين مجلس ترحيم مرجع عاليقدر آيتالله حاج شيخ اسحاق فياض، شب گذشته از طرف رهبر انقلاب در قم برگزارشد. اين مراسم بعد از نماز مغرب و عشاء در شبستان امام خميني(ره) حرم حضرت معصومه (سلاماللهعليها) و با حضور پرشور مردم برگزار شد.